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DiD，DiO，DiI，DiR和DiS染料是一族親脂性的熒光染料，可以用來染細胞膜和其它脂溶性生物結構。當與細胞膜結合后其熒光強度大大增強，這類染料有著很高的淬滅常數和激發態壽命。

DiI 細胞膜橙色熒光探針是一種親脂性的熒光染料，可以用來染細胞膜和其它脂溶性生物結構，進入細胞膜后，DiI在整個細胞膜上擴散，最jia濃度時可以使整個細胞膜染色。

羅丹明標記鬼筆環肽(橙紅）是從致命的傘形毒蕈蘑菇中分離出來的一種毒素。它是特異性結合于 F-肌動蛋白的雙環肽。因此用熒光染料標記的鬼筆環肽可以非常方便的研究 F-肌動蛋白的分布。鬼筆環肽內部，在半胱氨酸和色氨酸之間含有不常見的硫醚橋形成內環結構。在pH 升高時，該硫醚被裂解，鬼筆環肽失去對肌動蛋白的親和力。

JC-1 線粒體膜電位熒光探針 是一種廣泛用于檢測線粒體膜電位△Ψ m 的理想熒光探針。可以檢測細胞、組織或純化的線粒體膜電位。在線粒體膜電位較高時，JC-1 聚集在線粒體的基質中，形成聚合物，可以產生紅色熒光

碘化丙啶（Propidium Iodide，PI）是一種常用的細胞核熒光染料，作為一種溴化乙錠（EB）的類似物，能夠嵌入堿基之間實現與DNA結合。這種結合沒有或者幾乎無序列傾向性，大約每4-5個DNA堿基對結合一個染料。PI也能與RNA結合，需要用核酸酶處理來區分DNA和RNA染色。